Uma diferenciação confiável entre as pérolas cultivadas e as naturais é possível estudando-se a estrutura interna. As pérolas verdadeiras são constituídas em capas concêntricas e as cultivadas possuem uma estrutura interna distinta, conforme o tipo do núcleo. O técnico utiliza aparelhos especiais com os quais pode controlar a estrutura das pérolas ao longo da perfuração. Os métodos radiográficos com raio-X (método de Laue) são vantajosos; podem ser utilizados com pérolas perfuradas ou não, assim como nas cultivadas, onde indicam simultaneamente a espessura da capa natural.
Da mesma forma que nas demais gemas valiosas, existem também numerosas imitações de pérolas. De um certo modo, também se encontram entre as pérolas blister cultivadas na Austrália; esta não é uma pérola cultivada no sentido comercial habitual; consiste tão somente de uma fina cobertura de nácar sendo o material restante de origem técnica. É obtida fixando-se um núcleo de argila ou de resina sintética na parede interna do molusco, para que este a recubra com uma fina capa de nácar. Depois de retirá-la, extrai-se o núcleo de novo e este é substituído por uma semi-esfera de nácar. A cobertura de nácar é obtida na Austrália e o trabalho no Japão (pérolas do Japão).
Uma boa imitação são as pérolas feitas de peixes; são composta de vidro ou esmalte com uma cobertura de escamas de determinadas espécies de peixes. Em outras imitações, utilizam-se conchas de gasterópodos (pérolas das Antilhas), moluscos (pérola Takara do Japão), ou dentes de sirenídeos (pérola Dugong). No mercado se encontram também pérolas feitas de materiais totalmente
O opérculo (olho de gato da China) é semelhante a meias pérolas de cor parecida à porcelana; trata-se atualmente de uma cobertura, que oferece alguma semelhança com um cabochão, de um caracol da região das ilhas da Australásia, onde é utilizado como adorno; não é muito conhecido na Europa.